Choć manualna skrzynia biegów uchodzi za rozwiązanie mechaniczne i niezależne od nowoczesnej technologii, w rzeczywistości wiele współczesnych samochodów korzysta z układów elektronicznych, które pośrednio lub bezpośrednio wpływają na jej pracę. Wbrew pozorom, problemy z przekładnią nie zawsze muszą mieć podłoże stricte mechaniczne – coraz częściej źródłem trudności są usterki w systemach wspomagających, czujnikach, sterownikach i wiązkach elektrycznych, które obsługują niektóre funkcje związane ze zmianą biegów.
Jednym z najczęstszych przykładów ingerencji elektroniki w działanie skrzyni manualnej jest system wspomagający sprzęgło. Coraz więcej modeli, szczególnie tych wyposażonych w układy start-stop, posiada siłowniki sterujące hydrauliką lub elektroniką, które odpowiadają za wysprzęglanie w określonych warunkach. Awaria czujnika położenia pedału sprzęgła, czujnika obrotów wału lub aktuatora może sprawić, że skrzynia przestanie działać płynnie. Biegi będą wchodzić z oporem, samochód może szarpać przy ruszaniu albo wystąpi problem z uruchomieniem silnika.
Innym obszarem, w którym elektronika wpływa na działanie skrzyni, są systemy bezpieczeństwa i diagnostyki pokładowej. W wielu nowoczesnych pojazdach działanie skrzyni biegów jest uzależnione od poprawnego działania innych modułów – na przykład układu ABS, ESP, kontroli trakcji lub układu napędu na cztery koła. Jeśli jeden z tych systemów wykryje błąd, może ograniczyć funkcje skrzyni, zablokować bieg wsteczny, uniemożliwić uruchomienie pojazdu lub wprowadzić samochód w tryb awaryjny, który uniemożliwia normalne korzystanie z przekładni.
W niektórych autach z manualną skrzynią pojawiają się także funkcje elektronicznego wspomagania ruszania pod górę, czyli systemy utrzymujące pojazd na wzniesieniu przez kilka sekund po puszczeniu hamulca. Choć nie ingerują one bezpośrednio w mechanikę skrzyni, są połączone z czujnikami położenia pedału sprzęgła i położenia pojazdu. Awaria któregoś z tych czujników może objawić się trudnością w ruszaniu, szarpnięciem lub całkowitym brakiem reakcji na próbę wrzucenia biegu.
Również oświetlenie tablicy wskaźników lub błędy zapisywane w komputerze pokładowym mogą wpływać na działanie skrzyni. Jeśli pojawi się komunikat o błędzie systemu sprzęgła, wybieraka, czujnika pozycji dźwigni lub czujnika prędkości kół, skrzynia może zacząć pracować w sposób odbiegający od normy. Dla kierowcy oznacza to problemy z wrzuceniem biegu, zgrzyty przy zmianie przełożenia lub brak możliwości odpalenia auta z wciśniętym sprzęgłem, mimo że układ mechaniczny działa bez zarzutu.
Należy również pamiętać, że w niektórych samochodach z pozoru klasyczna skrzynia manualna działa w oparciu o układy półautomatyczne. Przykładem są skrzynie z elektronicznie sterowanym sprzęgłem, w których kierowca co prawda zmienia biegi ręcznie, ale proces wysprzęglania odbywa się automatycznie. W takich konstrukcjach elektronika odgrywa jeszcze większą rolę, a jej usterka może całkowicie uniemożliwić korzystanie z pojazdu, nawet jeśli wszystkie elementy mechaniczne pozostają sprawne.
Podsumowując, choć manualna skrzynia biegów w swojej podstawowej formie nie wymaga elektroniki, we współczesnych samochodach bardzo często działa w powiązaniu z różnymi systemami elektronicznymi. Awaria któregoś z tych elementów może objawiać się jako problem ze skrzynią, mimo że sama przekładnia jest w pełni sprawna. Dlatego przy diagnozowaniu trudności z ręczną zmianą biegów nie warto ograniczać się tylko do mechaniki – coraz częściej konieczne jest sięgnięcie po komputer diagnostyczny i dokładne sprawdzenie wszystkich zależnych modułów.