Woda w paliwie to poważny problem, który może prowadzić do uszkodzenia filtra paliwa oraz innych elementów układu zasilania silnika, zwłaszcza w nowoczesnych jednostkach wysokoprężnych. Obecność wody wynika najczęściej z kondensacji pary wodnej w zbiorniku paliwa, nieszczelności instalacji paliwowej lub domieszek biokomponentów, które mają właściwości higroskopijne i przyciągają wilgoć. Woda w paliwie sprzyja rozwojowi drobnoustrojów, które tworzą szlamy i kwasy powodujące korozję metalowych elementów układu paliwowego, takich jak przewody, pompa paliwa czy wtryskiwacze. Woda w filtrze paliwa może powodować szereg objawów, które negatywnie wpływają na pracę silnika: trudności z rozruchem, zwłaszcza w niskich temperaturach, spadek mocy, nierówna praca silnika, szarpanie podczas przyspieszania oraz gaśnięcie na biegu jałowym. Woda może zamarzać w filtrze, blokując przepływ paliwa i uniemożliwiając skuteczny zapłon. Uszkodzenie filtra paliwa przez wodę wynika z korozji i powstawania osadów, które zatykają medium filtracyjne i przewody paliwowe. W efekcie filtr traci swoją skuteczność, a pompa paliwa pracuje pod większym obciążeniem, co może prowadzić do jej awarii. Zanieczyszczenia mogą również uszkodzić precyzyjne elementy wtryskowe, co wiąże się z wysokimi kosztami napraw. Aby zapobiec uszkodzeniom, ważne jest regularne monitorowanie stanu filtra paliwa i jego wymiana zgodnie z zaleceniami producenta. W pojazdach z separatorem wody w filtrze możliwe jest jej okresowe usuwanie poprzez odpowietrzanie lub spuszczanie wody z filtra. Dodatkowo stosowanie dodatków do paliwa, które wiążą wodę i ułatwiają jej usuwanie, może pomóc w utrzymaniu układu paliwowego w dobrej kondycji.