System Start-Stop w nowoczesnych samochodach jest zaprojektowany tak, by minimalizować zużycie paliwa i emisję spalin, ale jednocześnie nie może pogarszać komfortu jazdy. Jednym z najważniejszych czynników wpływających na działanie tego systemu jest praca klimatyzacji. W praktyce, Start-Stop nie zawsze wyłącza silnik, gdy klimatyzacja jest włączona – zależy to od kilku parametrów i ustawień pojazdu. Gdy klimatyzacja pracuje w trybie automatycznym i temperatura w kabinie jest zbliżona do zadanej przez kierowcę, system może pozwolić sobie na wyłączenie silnika podczas postoju. Jednak jeśli na zewnątrz panuje upał, a klimatyzacja musi intensywnie chłodzić wnętrze, komputer pokładowy uzna, że wyłączenie silnika spowodowałoby szybki wzrost temperatury w kabinie i pogorszenie komfortu pasażerów. W takiej sytuacji Start-Stop pozostawia silnik włączony, by sprężarka klimatyzacji mogła pracować i utrzymywać odpowiedni mikroklimat. W autach wyposażonych w klimatyzację automatyczną lub dwustrefową, system analizuje także wilgotność powietrza, zaparowanie szyb oraz obecność pasażerów. Jeśli komputer wykryje, że wyłączenie silnika mogłoby doprowadzić do zaparowania szyb lub dyskomfortu termicznego, Start-Stop nie zadziała. W niektórych modelach samochodów, po wyłączeniu silnika przez Start-Stop, klimatyzacja przechodzi w tryb „eco” lub ogranicza swoją wydajność, korzystając jedynie z wentylatora. W autach z systemem mild hybrid lub z dodatkowym akumulatorem 48V, możliwe jest krótkotrwałe podtrzymanie pracy sprężarki klimatyzacji nawet przy wyłączonym silniku, ale w większości przypadków pełna funkcjonalność klimatyzacji wymaga pracy jednostki napędowej. Podsumowując, Start-Stop działa przy uruchomionej klimatyzacji tylko wtedy, gdy nie wpływa to negatywnie na komfort i bezpieczeństwo jazdy – w przeciwnym razie system pozostawia silnik włączony, by zapewnić odpowiednie warunki w kabinie.
