System Start-Stop, choć zaprojektowany do automatycznego wyłączania silnika podczas postoju, nie zawsze aktywuje się w każdej sytuacji. Wielu kierowców zauważa, że funkcja ta działa tylko czasami – raz silnik gaśnie na światłach, innym razem pozostaje włączony. Wynika to z zaawansowanej logiki działania systemu oraz licznych zabezpieczeń, które mają chronić podzespoły pojazdu, zapewnić komfort i bezpieczeństwo jazdy oraz wydłużyć żywotność akumulatora i rozrusznika. Start-Stop analizuje szereg parametrów: poziom naładowania akumulatora, temperaturę silnika, temperaturę zewnętrzną, zapotrzebowanie na energię elektryczną (np. praca klimatyzacji, ogrzewania, wentylatorów), położenie pedału hamulca i sprzęgła, stan pasów bezpieczeństwa, otwarcie drzwi, nachylenie drogi, obecność przyczepy, a nawet wilgotność powietrza i zaparowanie szyb. Jeśli którykolwiek z tych warunków nie jest spełniony, system nie wyłączy silnika, by nie narażać pojazdu na ryzyko rozładowania akumulatora, przegrzania silnika czy utraty komfortu termicznego w kabinie. Przykładowo, jeśli akumulator jest niedoładowany po krótkiej jeździe, system pozostawi silnik włączony, by umożliwić jego doładowanie. Podobnie, gdy klimatyzacja pracuje na pełnych obrotach w upalny dzień, Start-Stop nie zadziała, by nie dopuścić do wzrostu temperatury w kabinie. System nie wyłączy silnika także wtedy, gdy samochód stoi na wzniesieniu, by nie ryzykować stoczenia się pojazdu. W autach z automatyczną skrzynią biegów system działa tylko w określonych pozycjach dźwigni (najczęściej „D” lub „N”). Dodatkowo, jeśli kierowca często zatrzymuje się i rusza (np. w korku), system może tymczasowo dezaktywować funkcję Start-Stop, by nie nadwyrężać rozrusznika i akumulatora. Wszystkie te zabezpieczenia mają na celu wydłużenie żywotności podzespołów, zapewnienie komfortu i bezpieczeństwa oraz niezawodność działania systemu w każdych warunkach.
