System Start-Stop, poprzez automatyczne wyłączanie silnika podczas postoju, może budzić obawy o wpływ na temperaturę jednostki napędowej, zwłaszcza w warunkach miejskich, podczas upałów lub w korkach. W praktyce, nowoczesne układy Start-Stop są zaprojektowane tak, by nie dopuścić do przegrzania silnika ani do zbyt szybkiego jego wychłodzenia. Komputer pokładowy na bieżąco monitoruje temperaturę cieczy chłodzącej, oleju silnikowego oraz temperaturę zewnętrzną. Jeśli silnik jest zbyt zimny (np. tuż po uruchomieniu w niskiej temperaturze), system nie wyłączy go, by umożliwić szybkie osiągnięcie optymalnej temperatury pracy. Z kolei w sytuacji, gdy silnik jest przegrzany (np. po intensywnej jeździe w korku lub w upale), Start-Stop również nie zadziała, by nie ryzykować dalszego wzrostu temperatury i uszkodzenia podzespołów. Dodatkowo, w wielu autach po wyłączeniu silnika przez Start-Stop, wentylator chłodnicy może pracować jeszcze przez kilka minut, by schłodzić płyn chłodzący i zapobiec przegrzaniu. W autach z turbosprężarką system monitoruje także temperaturę oleju i nie wyłączy silnika, jeśli turbina wymaga schłodzenia po dynamicznej jeździe. W warunkach zimowych, gdy temperatura silnika spada poniżej określonego progu, Start-Stop zostaje dezaktywowany, by zapewnić skuteczne ogrzewanie kabiny i utrzymać optymalną temperaturę pracy jednostki napędowej. W praktyce, system Start-Stop nie wpływa negatywnie na temperaturę silnika – jego działanie jest ściśle kontrolowane przez elektronikę, która dba o bezpieczeństwo i trwałość podzespołów. W przypadku awarii czujnika temperatury lub innych elementów układu chłodzenia, system automatycznie dezaktywuje funkcję wyłączania silnika, a na desce rozdzielczej pojawia się komunikat o błędzie. Podsumowując, Start-Stop nie powoduje przegrzewania ani wychładzania silnika – jego działanie jest uzależnione od temperatury jednostki napędowej i warunków zewnętrznych, a priorytetem jest zawsze bezpieczeństwo i trwałość pojazdu.
