System Start-Stop, jak każdy zaawansowany układ elektroniczny, wyposażony jest w szereg trybów awaryjnych, które mają na celu ochronę pojazdu i jego użytkowników w przypadku wykrycia usterki. Gdy komputer pokładowy zarejestruje błąd w działaniu systemu Start-Stop, automatycznie przechodzi w jeden z trybów awaryjnych, ograniczając lub całkowicie wyłączając funkcję automatycznego wyłączania i uruchamiania silnika. Najczęściej spotykanym trybem awaryjnym jest całkowite wyłączenie systemu Start-Stop – silnik nie jest wyłączany podczas postoju, a na desce rozdzielczej pojawia się komunikat o błędzie lub kontrolka systemu. W tym trybie samochód pracuje jak tradycyjny pojazd bez Start-Stop, co oznacza większe zużycie paliwa i wyższą emisję spalin, ale zapewnia pełną kontrolę nad pojazdem i eliminuje ryzyko niekontrolowanego wyłączenia silnika. W niektórych modelach samochodów tryb awaryjny może ograniczać działanie innych systemów, takich jak klimatyzacja, ogrzewanie, systemy komfortu czy nawet wspomaganie kierownicy. Dzieje się tak, aby zminimalizować obciążenie akumulatora i zapewnić wystarczającą ilość energii do ponownego uruchomienia silnika. Kolejnym trybem awaryjnym jest tzw. tryb ograniczonej funkcjonalności – system Start-Stop działa tylko w określonych warunkach, np. przy pełnym naładowaniu akumulatora, odpowiedniej temperaturze silnika i braku dodatkowych obciążeń elektrycznych. W przypadku wykrycia jakiejkolwiek nieprawidłowości system automatycznie się dezaktywuje. W nowoczesnych samochodach komputer pokładowy zapisuje kody błędów związane z systemem Start-Stop, które można odczytać podczas diagnostyki serwisowej. Pozwala to szybko zidentyfikować przyczynę awarii i podjąć odpowiednie działania naprawcze. Tryby awaryjne są projektowane z myślą o bezpieczeństwie kierowcy i pasażerów – ich celem jest zapobieganie sytuacjom, w których niekontrolowane wyłączenie silnika mogłoby zagrozić bezpieczeństwu na drodze. Po wykryciu błędu systemu Start-Stop należy jak najszybciej udać się do serwisu w celu diagnostyki i naprawy.
