System Start-Stop, jak większość nowoczesnych układów elektronicznych w samochodzie, posiada możliwość przywrócenia ustawień fabrycznych. Jest to szczególnie przydatne w przypadku wystąpienia błędów, nieprawidłowego działania systemu lub po przeprowadzeniu napraw i wymiany podzespołów. Przywrócenie ustawień fabrycznych systemu Start-Stop polega na zresetowaniu wszystkich parametrów i konfiguracji do wartości zapisanych przez producenta. W większości przypadków operację tę można wykonać za pomocą komputera diagnostycznego podłączonego do gniazda OBD2 pojazdu. W menu serwisowym wybiera się opcję „reset systemu Start-Stop” lub „przywrócenie ustawień fabrycznych”, po czym komputer pokładowy kasuje wszystkie zapisane błędy, adaptacje i przywraca domyślne ustawienia. W niektórych samochodach reset systemu Start-Stop można wykonać samodzielnie, np. poprzez określoną sekwencję włączania i wyłączania zapłonu, przytrzymanie przycisku Start-Stop lub odłączenie akumulatora na kilka minut. Jednak takie metody nie zawsze są skuteczne i mogą nie przywrócić wszystkich parametrów do stanu fabrycznego. Po przywróceniu ustawień fabrycznych system Start-Stop powinien działać zgodnie z zaleceniami producenta – automatycznie wyłączać i uruchamiać silnik w odpowiednich warunkach, monitorować stan akumulatora, temperaturę silnika, obciążenie elektryczne i inne czynniki wpływające na bezpieczeństwo i komfort jazdy. Reset systemu nie rozwiązuje problemów wynikających z uszkodzeń mechanicznych, zużycia akumulatora czy awarii czujników – w takich przypadkach konieczna jest naprawa lub wymiana wadliwych elementów. Przywrócenie ustawień fabrycznych to narzędzie diagnostyczne, które pozwala wyeliminować błędy konfiguracyjne i przywrócić prawidłowe działanie systemu po naprawach lub aktualizacjach oprogramowania.