System Start-Stop, choć przyczynia się do oszczędności paliwa i ograniczenia emisji spalin, może mieć zauważalny wpływ na komfort termiczny w kabinie pojazdu, zwłaszcza w upalne lub mroźne dni. Gdy silnik zostaje automatycznie wyłączony podczas postoju, przestaje napędzać sprężarkę klimatyzacji lub pompę cieczy chłodzącej, co może prowadzić do szybkiego wzrostu temperatury wewnątrz auta latem lub spadku temperatury zimą. Objawy pogorszenia komfortu termicznego to przede wszystkim uczucie nagłego ocieplenia powietrza z nawiewów podczas postoju na światłach lub w korku, słabsze chłodzenie kabiny, a także parowanie szyb przy niskich temperaturach. W nowoczesnych samochodach producenci stosują jednak szereg rozwiązań minimalizujących te niedogodności. Systemy Start-Stop są wyposażone w czujniki temperatury zewnętrznej i wewnętrznej, które analizują warunki i w razie potrzeby automatycznie uruchamiają silnik, by podtrzymać pracę klimatyzacji lub ogrzewania. W pojazdach z klimatyzacją automatyczną, Start-Stop może być dezaktywowany, jeśli temperatura w kabinie odbiega od zadanej wartości. Niektóre auta mają dodatkowe elektryczne nagrzewnice lub sprężarki klimatyzacji, które działają niezależnie od pracy silnika, zapewniając stały komfort cieplny. Kierowca może rozpoznać wpływ Start-Stop na komfort termiczny poprzez obserwację częstotliwości uruchamiania silnika na postoju, zmian temperatury powietrza z nawiewów oraz czasu potrzebnego na ponowne schłodzenie lub ogrzanie wnętrza po ruszeniu. Jeśli komfort termiczny jest niewystarczający, warto wyłączyć Start-Stop na czas postoju w trudnych warunkach pogodowych.
