Ustawienia komfortu w nowoczesnych samochodach obejmują szereg funkcji, takich jak klimatyzacja, ogrzewanie, wentylacja, podgrzewanie foteli czy szyb. Wszystkie te systemy mają wpływ na działanie Start-Stop, ponieważ zwiększają zapotrzebowanie na energię elektryczną i mogą ograniczać możliwości wyłączania silnika podczas postoju. Gdy kierowca ustawi klimatyzację na maksymalne chłodzenie, ogrzewanie na pełną moc lub włączy podgrzewanie szyb i foteli, system Start-Stop analizuje, czy akumulator jest w stanie zapewnić wystarczającą ilość energii do zasilania tych odbiorników bez pracy silnika. Jeśli zapotrzebowanie jest zbyt wysokie, system automatycznie dezaktywuje funkcję Start-Stop, aby nie dopuścić do rozładowania akumulatora i spadku komfortu w kabinie. W niektórych modelach samochodów kierowca może samodzielnie dostosować czułość systemu Start-Stop w menu ustawień komfortu – np. wybrać tryb „eco”, w którym system działa bardziej agresywnie, lub tryb „komfort”, gdzie priorytetem jest utrzymanie stałej temperatury i wygody pasażerów. Zmiana ustawień komfortu wpływa także na częstotliwość i długość wyłączeń silnika – im większe zapotrzebowanie na energię, tym rzadziej Start-Stop się aktywuje. W praktyce oznacza to, że użytkownik ma realny wpływ na działanie systemu poprzez wybór preferowanych ustawień klimatyzacji, ogrzewania i innych funkcji komfortowych.
