Współczesne samochody wyposażone w system Start-Stop oraz automatyczną lub zautomatyzowaną skrzynię biegów posiadają bardzo złożoną architekturę elektroniczną. Komputer skrzyni biegów (TCU lub ECU) oraz sterownik Start-Stop stale wymieniają między sobą informacje za pośrednictwem magistrali CAN. Błędy w komputerze skrzyni biegów mogą mieć bezpośredni wpływ na działanie Start-Stop – jeśli skrzynia zgłasza nieprawidłowości (np. błędy czujników położenia, temperatury oleju, ciśnienia czy nieprawidłowe przełożenie), system Start-Stop zostaje automatycznie dezaktywowany. Dzieje się tak, ponieważ wyłączenie i ponowne uruchomienie silnika w nieprawidłowym trybie pracy skrzyni mogłoby doprowadzić do jej uszkodzenia lub niekontrolowanego ruchu pojazdu. Typowe objawy to brak wyłączania silnika na postoju, komunikaty o błędach Start-Stop lub skrzyni biegów, a także świecące kontrolki na desce rozdzielczej. W niektórych modelach samochodów, nawet drobne błędy zapisane w pamięci TCU (np. chwilowy spadek napięcia czy opóźniona zmiana biegu) mogą czasowo wyłączyć Start-Stop do czasu przeprowadzenia diagnostyki i skasowania błędów. Należy pamiętać, że nieprawidłowe działanie Start-Stop może być pierwszym sygnałem problemów z elektroniką skrzyni biegów i wymaga szybkiej interwencji serwisowej. Regularne przeglądy, aktualizacje oprogramowania oraz dbałość o stan instalacji elektrycznej pozwalają uniknąć poważniejszych awarii i utrzymać pełną funkcjonalność obu systemów.
