System Start-Stop jest zaprojektowany z myślą o bezpieczeństwie i wygodzie użytkownika, dlatego jego działanie podczas tankowania pojazdu jest ściśle kontrolowane przez komputer pokładowy. W praktyce, podczas tankowania, system Start-Stop nie powinien aktywować się ani wyłączyć silnika automatycznie. Większość nowoczesnych samochodów wyposażonych w tę funkcję posiada zabezpieczenia, które dezaktywują system po otwarciu klapki wlewu paliwa, odblokowaniu korka lub wykryciu obecności pistoletu dystrybutora w baku. Dodatkowo, w wielu pojazdach wyłączenie zapłonu i otwarcie drzwi kierowcy automatycznie dezaktywuje Start-Stop i powoduje trwałe wyłączenie silnika, niezależnie od jego wcześniejszego stanu. Jest to rozwiązanie mające na celu zapobieżenie niekontrolowanemu uruchomieniu silnika w trakcie tankowania, co mogłoby stwarzać zagrożenie pożarowe. Nawet jeśli kierowca pozostawi kluczyk w stacyjce lub w aucie z systemem bezkluczykowym, komputer nie pozwoli na ponowne uruchomienie silnika przez Start-Stop podczas tankowania. W przypadku starszych modeli, które nie mają tak zaawansowanych zabezpieczeń, zaleca się każdorazowe wyłączanie silnika i zapłonu przed rozpoczęciem tankowania. Warto pamiętać, że uruchomienie silnika podczas tankowania jest niezgodne z przepisami i może skutkować mandatem lub odmową obsługi na stacji paliw.
