W niektórych egzemplarzach BMW X3 o kodzie fabrycznym F25 wykryto nieprawidłowości w pracy układu EGR, które mogą powodować niewłaściwe wartości emisji spalin. Problem dotyczy zarówno konstrukcji zaworu recyrkulacji, jak i oprogramowania jednostki sterującej, które może błędnie zarządzać przepływem spalin. BMW zapowiedziało aktualizację oprogramowania oraz – w razie konieczności – wymianę elementów układu odpowiedzialnych za redukcję emisji.