Filtr paliwa ma chronić układ wtryskowy przed zanieczyszczeniami, ale jeśli podczas wymiany zostaną popełnione błędy, może dojść do przedostania się zanieczyszczeń do wtryskiwaczy. Najczęstsze przyczyny to nieostrożne zdejmowanie starego filtra, przez co brud z jego powierzchni trafia do przewodów paliwowych, lub montaż nowego filtra bez wcześniejszego napełnienia go czystym paliwem (dotyczy to głównie diesli). W niektórych przypadkach do wnętrza nowego filtra mogą dostać się drobne opiłki, kurz lub resztki starego paliwa, które następnie trafiają do układu wtryskowego. Jeśli filtr nie jest odpowiednio zamontowany lub jest niskiej jakości, może przepuszczać zanieczyszczenia, które uszkadzają precyzyjne elementy wtryskiwaczy. Objawy zanieczyszczenia układu wtryskowego po wymianie filtra to trudności z rozruchem, nierówna praca silnika, szarpanie podczas jazdy, spadek mocy i dymienie. Aby uniknąć problemów, należy wymieniać filtr w czystych warunkach, stosować produkty renomowanych firm i – w przypadku diesli – napełniać filtr czystym paliwem przed montażem.
