Hamowanie silnikiem, znane z klasycznych pojazdów, ma w hybrydzie nowy wymiar – jest nieodłączną częścią działania systemu rekuperacji energii. Po odpuszczeniu gazu w hybrydzie nie tylko następuje zamknięcie przepustnicy i wzrost oporów mechanicznych napędu, ale silnik elektryczny wchodzi w tryb generatora, odzyskując energię kinetyczną i przekształcając ją na prąd ładowania akumulatora trakcyjnego. Intensywność hamowania zależy od stopnia używania pedału hamulca – w niektórych pojazdach można ręcznie zintensyfikować rekuperację („B mode”). Klasyczne hamowanie silnikiem jest również możliwe podczas jazdy z górki na niskim poziomie naładowania baterii – wtedy układ automatycznie redukuje przełożenie biegów, a spalinowy silnik jest dołączany celem zapewnienia odpowiedniej siły wytracania prędkości. Różnica polega jednak na tym, że w hybrydzie cały proces jest zarządzany automatycznie, nie wymaga redukcji biegów ani specjalnych działań kierowcy, a większość odzyskanej energii kierowana jest do baterii, wydłużając jej zasięg i żywotność. W sytuacji pełnego naładowania akumulatora, system „odpuszcza” rekuperację i wtedy działają konwencjonalne hamulce tarczowe i silnikowe.
