Immobiliser w nowoczesnych samochodach odpowiada przede wszystkim za blokadę rozruchu silnika, ale w niektórych modelach – zwłaszcza z automatyczną skrzynią biegów i zaawansowanymi systemami bezpieczeństwa – może również wpływać na działanie skrzyni biegów. W pojazdach z elektronicznie sterowaną skrzynią biegów (np. automaty, DSG, CVT) immobiliser może blokować możliwość przesunięcia dźwigni z pozycji „P” (parking) lub „N” (neutral) do momentu rozpoznania autoryzowanego klucza. Blokada ta zapobiega próbom przetoczenia lub odholowania pojazdu bez klucza oraz zwiększa ochronę przed kradzieżą. W niektórych autach immobiliser współpracuje z systemem blokady kierownicy i skrzyni biegów – po wyjęciu kluczyka aktywuje się blokada mechaniczna, uniemożliwiająca zmianę biegów. W pojazdach z manualną skrzynią biegów immobiliser nie blokuje fizycznie lewarka, ale uniemożliwia uruchomienie silnika, co i tak skutecznie zabezpiecza auto przed kradzieżą. W przypadku awarii immobilisera lub błędów komunikacji mogą pojawić się problemy z wyborem biegów, przełączeniem skrzyni w tryb jazdy lub parkowania, a nawet blokada całego układu napędowego. Rozwiązaniem jest diagnostyka komputerowa i naprawa systemu zabezpieczeń. Regularna kontrola stanu kluczyka, immobilisera i skrzyni biegów to podstawa bezproblemowej eksploatacji pojazdu.
