Kompresor mechaniczny, jako urządzenie wtłaczające podwyższone ilości powietrza do komory spalania, realnie wpływa na całą charakterystykę procesu spalania – w tym emisję spalin. W praktyce podwyższenie zawartości powietrza umożliwia uzyskanie większej mocy przy tej samej objętości silnika, ale pociąga za sobą szereg zmian w emisji substancji szkodliwych. Na plus dla środowiska działa możliwość uzyskania bardziej efektywnego spalania – dobrze zaprojektowane i zestrojone układy doładowania pozwalają na redukcję emisji cząstek stałych (PM) i tlenku węgla (CO) dzięki pełniejszemu spaleniu mieszanki. Jednak równie często spotykany problem to wzrost emisji tlenków azotu (NOx), będący skutkiem wyższych temperatur spalania i większego ciśnienia w cylindrze – typowe zjawisko zwłaszcza w mocno doładowanych jednostkach wysokoprężnych, ale dające się zaobserwować także w silnikach benzynowych. W starszych pojazdach, szczególnie bez adaptacji sterownika do pracy pod dużym ciśnieniem, możliwe jest powstawanie niekontrolowanych ilości HC (węglowodorów) i zadymienie przy niewłaściwym dawkowaniu paliwa. Nowoczesne systemy zarządzania silnikiem (ECU) niwelują te efekty przez korekty czasu wtrysku, kąta zapłonu i pracy EGR, jednak każda głębsza modyfikacja układu doładowania powinna być zakończona profesjonalną kalibracją programu sterującego – w przeciwnym razie nie uniknie się wzrostu emisji jednego lub kilku składników spalin i utraty zgodności z normami emisji. W praktyce, umiarkowane doładowanie w nowoczesnych silnikach może pozwolić nawet na obniżenie emisji CO2 poprzez wyższą sprawność, jednak zawsze pod warunkiem fachowego montażu i programowania jednostki sterującej.
