Nowoczesne systemy otwierania bagażnika coraz częściej są projektowane z myślą o integracji z fabrycznym lub dodatkowym alarmem samochodowym. Oznacza to, że bagażnika nie będzie można otworzyć przypadkowo w czasie uzbrojenia alarmu – klapa pozostaje zaryglowana, a każda próba jej otwarcia generuje sygnał ostrzegawczy lub alarmowy. Integracja ta odbywa się w większości modeli na poziomie modułów sterujących — klapa „komunikuje się” z alarmem za pomocą sygnału elektrycznego lub przez szynę CAN. Warto zaznaczyć, że nie każdy system aftermarketowy da się zintegrować w pełni z alarmem: w starszych pojazdach lub przy bardzo prostych mechanizmach automatycznych może być konieczna modyfikacja instalacji lub dodatkowy przekaźnik. Przy wyborze alarmu lub podczas montażu automatycznej klapy należy poprosić instalatora o sprawdzenie możliwości integracji. Dobre połączenie tych rozwiązań daje większe bezpieczeństwo przed kradzieżą, a jednocześnie pozwala na wygodną obsługę bagażnika z pilota – pod warunkiem, że alarm nie jest włączony. W przypadku aut z podwójnym systemem zamykania (deadlock) często konieczna jest kalibracja obu urządzeń po instalacji.
