System Start-Stop, choć coraz częściej spotykany w nowoczesnych samochodach, nie zawsze jest aktywny w każdym modelu lub wersji pojazdu. W niektórych przypadkach producenci decydują się na fabryczne wyłączenie tej funkcji w określonych wariantach wyposażenia, rynkach lub ze względu na specyficzne wymagania homologacyjne. Przykładowo, auta przeznaczone na rynki o bardzo niskich lub wysokich temperaturach mogą mieć Start-Stop dezaktywowany, by uniknąć problemów z rozruchem i trwałością akumulatora. Wersje flotowe, policyjne czy specjalistyczne bywają zamawiane z wyłączonym systemem, aby zapewnić ciągłość działania elektroniki i urządzeń pokładowych. Ponadto, niektóre modele mają możliwość trwałego wyłączenia Start-Stop już na etapie konfiguracji w salonie – jest to opcja dostępna w menu komputera pokładowego lub wymaga ingerencji serwisowej (np. zmiany kodowania ECU). Warto dodać, że nawet jeśli system jest aktywny fabrycznie, w wielu autach można go wyłączyć ręcznie za pomocą przycisku na desce rozdzielczej, choć po ponownym uruchomieniu silnika zwykle wraca do ustawień domyślnych. Coraz częściej pojawiają się także rozwiązania pozwalające na trwałe wyłączenie Start-Stop poprzez aktualizację oprogramowania lub użycie specjalnych modułów. Przed podjęciem decyzji o dezaktywacji systemu warto sprawdzić, czy nie wpłynie to na gwarancję pojazdu oraz czy jest zgodne z przepisami obowiązującymi w danym kraju.
