System Start-Stop, będący standardem w nowoczesnych samochodach, budzi wiele pytań dotyczących możliwości jego kontroli i personalizacji przez użytkownika. Współczesne auta wyposażone są w coraz bardziej rozbudowane menu ustawień, dostępne z poziomu komputera pokładowego, ekranu dotykowego lub dedykowanych przycisków na desce rozdzielczej. Jednak zakres kontroli nad systemem Start-Stop zależy od marki, modelu, wersji wyposażenia oraz polityki producenta. W większości samochodów Start-Stop można wyłączyć tymczasowo – przyciskiem oznaczonym symbolem „A” w kółku lub odpowiednią opcją w menu pojazdu. Po ponownym uruchomieniu silnika system zwykle aktywuje się automatycznie, zgodnie z ustawieniami fabrycznymi. Tylko w wybranych modelach aut klasy premium (np. BMW, Mercedes, Audi, Porsche, Volvo) dostępna jest funkcja zapamiętywania ostatniego stanu systemu lub trwałego wyłączenia Start-Stop z poziomu ustawień pojazdu. W takich przypadkach po dezaktywacji system pozostaje wyłączony do momentu ponownej aktywacji przez kierowcę lub zmiany ustawień w menu. W autach popularnych marek (Volkswagen, Skoda, Ford, Opel, Renault, Peugeot) Start-Stop można wyłączyć tylko na czas jednej jazdy – po każdym uruchomieniu silnika funkcja wraca do stanu aktywnego. W niektórych modelach możliwe jest ustawienie domyślnego trybu działania systemu przez kodowanie komputera (np. VCDS, ISTA), ale wymaga to specjalistycznej wiedzy i narzędzi diagnostycznych. Warto pamiętać, że trwała dezaktywacja Start-Stop przez modyfikację oprogramowania lub emulator może prowadzić do utraty gwarancji, problemów przy przeglądzie technicznym lub rejestracji pojazdu, a w niektórych krajach jest niezgodna z homologacją. W praktyce, zakres kontroli nad Start-Stop z poziomu ustawień auta obejmuje: tymczasowe wyłączenie, zapamiętanie ostatniego stanu (w wybranych modelach), możliwość aktywacji/dezaktywacji przez menu pojazdu oraz – w autach z rozbudowanym systemem – personalizację progu aktywacji (np. w trybie eco, sport, komfort). Przed zakupem auta warto sprawdzić instrukcję obsługi lub zapytać dealera o możliwości kontroli Start-Stop – rozwiązanie to jest coraz częściej spotykane w autach klasy premium, ale wciąż rzadko dostępne w samochodach popularnych marek.