Działanie systemu Start-Stop jest ściśle powiązane z pozycją hamulca ręcznego (postojowego). W większości samochodów z manualną skrzynią biegów, gdy kierowca zaciągnie hamulec ręczny podczas postoju, system Start-Stop zostaje automatycznie dezaktywowany. Oznacza to, że silnik nie wyłączy się, nawet jeśli spełnione są inne warunki aktywacji systemu. Takie rozwiązanie wynika z kwestii bezpieczeństwa oraz konieczności zapewnienia pełnej kontroli nad pojazdem podczas postoju na wzniesieniu czy w korku. W autach z elektronicznym hamulcem postojowym system Start-Stop może być zsynchronizowany z funkcją Auto Hold, która automatycznie utrzymuje pojazd w miejscu bez konieczności wciskania pedału hamulca. Wówczas silnik może się wyłączyć, ale tylko wtedy, gdy system uzna, że ryzyko niekontrolowanego przetoczenia pojazdu jest wyeliminowane. W skrócie, przy tradycyjnym hamulcu ręcznym Start-Stop zazwyczaj nie działa, natomiast przy elektronicznym – zależy to od konfiguracji systemu i warunków bezpieczeństwa.
