Obecność wody w paliwie jest jednym z poważniejszych zagrożeń dla poprawnego działania układu paliwowego i elektronicznych systemów sterowania silnikiem. Choć mogłoby się wydawać, że to tylko problem mechaniczny, w rzeczywistości woda może znacząco zakłócać pracę wielu czujników, co prowadzi do błędnych odczytów i nieprawidłowych reakcji sterownika. Jednym z pierwszych objawów jest zakłócenie pomiarów ciśnienia i temperatury paliwa – woda ma inne właściwości fizykochemiczne niż benzyna czy olej napędowy, przez co czujniki kalibrowane na pracę z paliwem zaczynają przekłamywać dane. W rezultacie sterownik silnika może dostosowywać czas wtrysku, dawkę paliwa czy kąt wyprzedzenia zapłonu na podstawie niewłaściwych informacji. Dodatkowo woda może prowadzić do korozji wewnętrznej czujników, a nawet mikrozwarć w ich układzie elektronicznym. W nowoczesnych systemach common rail błędy w odczytach ciśnienia lub jakości paliwa powodują wejście silnika w tryb awaryjny. Co więcej, jeśli dojdzie do kondensacji wody w okolicach czujników temperatury powietrza dolotowego czy w kolektorze dolotowym, mogą pojawić się błędy związane z nieprawidłowym składem mieszanki. Najczęściej jednak to czujnik jakości paliwa lub ciśnienia w listwie reaguje jako pierwszy. Dodatkowo, jeśli woda dostanie się do wtryskiwaczy, może powodować uszkodzenia elektromagnesów, co także zaburza ich pracę. Diagnostyka tego problemu wymaga nie tylko odczytania błędów z komputera, ale także analizy próbki paliwa i sprawdzenia obecności wody w filtrze paliwa. W wielu przypadkach wykrycie wody na wczesnym etapie pozwala uniknąć uszkodzenia czujników i kosztownej naprawy całego układu.
