System Start-Stop jest zaprojektowany tak, by automatycznie wyłączać silnik podczas postoju, jednak jego działanie jest ściśle uzależnione od warunków pracy pojazdu i komfortu pasażerów. Jednym z najważniejszych czynników wpływających na aktywność Start-Stop jest praca klimatyzacji. Gdy klimatyzacja jest włączona, a temperatura w kabinie odbiega od zadanej przez kierowcę, komputer pokładowy może zablokować wyłączenie silnika, by zapewnić odpowiedni komfort termiczny. Wynika to z faktu, że w większości samochodów sprężarka klimatyzacji jest napędzana bezpośrednio przez silnik spalinowy – po jego wyłączeniu przestaje działać, a chłodzenie wnętrza staje się niemożliwe lub bardzo ograniczone. W nowoczesnych autach z elektryczną sprężarką klimatyzacji (np. hybrydy, niektóre modele premium) system może pozwolić na krótkotrwałe wyłączenie silnika, ale tylko wtedy, gdy temperatura w kabinie jest zbliżona do zadanej, a zapotrzebowanie na chłodzenie jest niewielkie. Jeśli komputer wykryje, że wyłączenie silnika spowodowałoby szybki wzrost temperatury w kabinie lub zaparowanie szyb, Start-Stop pozostawia silnik włączony. Dodatkowo, intensywna praca klimatyzacji zwiększa pobór prądu z akumulatora, co może prowadzić do spadku napięcia i dezaktywacji systemu Start-Stop w celu ochrony baterii przed rozładowaniem. W praktyce, system Start-Stop działa tylko wtedy, gdy nie wpływa to negatywnie na komfort i bezpieczeństwo jazdy – w przeciwnym razie komputer pokładowy automatycznie wyłącza funkcję, by zapewnić optymalne warunki w kabinie. Podsumowując, Start-Stop nie działa po włączeniu klimatyzacji, gdyż wyłączenie silnika uniemożliwiłoby pracę sprężarki i utrzymanie zadanej temperatury, a system priorytetowo traktuje komfort i bezpieczeństwo pasażerów.
