Wymiana sterownika silnika (ECU) to poważna operacja, która wymaga ponownej synchronizacji z immobiliserem. Po zamontowaniu nowego lub używanego ECU immobiliser nie rozpoznaje nowego sterownika, co skutkuje blokadą rozruchu i komunikatem o błędzie systemu zabezpieczeń. Reset immobilisera polega na przeprowadzeniu procedury adaptacji, która synchronizuje kody immobilisera z nowym ECU i kluczami pojazdu. Proces ten wymaga użycia specjalistycznego komputera diagnostycznego oraz, w wielu przypadkach, kodu PIN pojazdu. Po podłączeniu do złącza OBDII mechanik wybiera opcję programowania immobilisera, wprowadza kod PIN i inicjuje procedurę synchronizacji. System kasuje stare kody, zapisuje nowe i przypisuje do nich wszystkie obecne klucze. Po zakończeniu operacji immobiliser rozpoznaje nowy ECU, a pojazd można normalnie uruchomić. W niektórych modelach konieczne jest również zaprogramowanie kluczy od nowa, aby uniknąć problemów z rozruchem. Próbując wykonać reset immobilisera samodzielnie, można narazić się na trwałe zablokowanie systemu lub utratę gwarancji – dlatego operację tę należy powierzyć autoryzowanemu serwisowi lub doświadczonemu elektronikowi samochodowemu. Regularna diagnostyka i zgodność części to podstawa sprawnej wymiany ECU i bezproblemowego działania immobilisera.