System Start-Stop jest jednym z najbardziej zaawansowanych układów elektronicznych w nowoczesnych samochodach, a jego działanie jest ściśle powiązane z wieloma innymi systemami pojazdu – w tym z układem chłodzenia. W normalnych warunkach Start-Stop automatycznie wyłącza silnik podczas postoju, a następnie uruchamia go ponownie, gdy kierowca zdejmie nogę z hamulca lub wciśnie sprzęgło. Jednak w przypadku wykrycia awarii układu chłodzenia, system ten przestaje działać lub działa w trybie ograniczonym. Komputer pokładowy monitoruje temperaturę silnika, poziom płynu chłodniczego i pracę wentylatorów. Jeśli wykryje zbyt wysoką temperaturę, nieszczelność układu lub awarię czujnika temperatury, automatycznie dezaktywuje Start-Stop, aby nie dopuścić do przegrzania silnika podczas postoju. Wyłączenie silnika w sytuacji, gdy nie działa wentylator lub płyn chłodniczy nie krąży prawidłowo, mogłoby doprowadzić do poważnych uszkodzeń jednostki napędowej. W niektórych autach na desce rozdzielczej pojawia się komunikat o niedostępności Start-Stop lub ostrzeżenie o awarii chłodzenia. System może także uniemożliwić automatyczne wyłączenie silnika, jeśli temperatura cieczy chłodzącej przekracza bezpieczny próg lub jeśli komputer wykryje, że silnik nie jest w stanie szybko osiągnąć odpowiedniej temperatury po ponownym uruchomieniu. W praktyce oznacza to, że Start-Stop jest ściśle zintegrowany z systemem monitorowania stanu technicznego pojazdu i dba o bezpieczeństwo silnika nawet kosztem chwilowego wzrostu zużycia paliwa.