System Start-Stop w samochodach z automatyczną skrzynią biegów funkcjonuje nieco inaczej niż w pojazdach z manualem, przede wszystkim ze względu na specyfikę obsługi przekładni i bezpieczeństwo użytkowania. W automatach Start-Stop aktywuje się najczęściej po zatrzymaniu pojazdu i utrzymaniu nogi na pedale hamulca. Silnik wyłącza się automatycznie, gdy komputer pokładowy uzna to za bezpieczne – uwzględniając m.in. poziom naładowania akumulatora, temperaturę silnika i aktywność systemów elektrycznych. Ponowne uruchomienie następuje natychmiast po zwolnieniu hamulca lub przesunięciu dźwigni skrzyni biegów z pozycji „D” (Drive) na „N” (Neutral) lub „P” (Park). W niektórych modelach system Start-Stop pozostaje nieaktywny podczas manewrowania, cofania czy holowania, aby uniknąć niepożądanych wyłączeń silnika. Nowoczesne automatyczne skrzynie biegów są wyposażone w dodatkowe czujniki i oprogramowanie, które synchronizują pracę Start-Stop z przekładnią, zapewniając płynność działania i bezpieczeństwo. Dzięki temu kierowca nie musi wykonywać żadnych dodatkowych czynności – system działa w pełni automatycznie, minimalizując zużycie paliwa i emisję spalin podczas postoju.
