Cofanie się paliwa do zbiornika po zgaszeniu silnika to zjawisko niepożądane, które może powodować problemy z rozruchem. Gdy paliwo zbyt szybko cofa się przez nieszczelny zawór zwrotny, układ wymaga dłuższego czasu, aby ponownie wytworzyć ciśnienie niezbędne do uruchomienia jednostki napędowej. Wyciek spod wtrysku, pojawiający się wyłącznie przy rozruchu, świadczy o mikronieszczelności, która uwidacznia się tylko przy wysokim ciśnieniu chwilowym. Takie usterki są trudne do wykrycia i często pomijane podczas przeglądu. Objawy zapowietrzenia przewodów różnią się od skutków zanieczyszczenia – w pierwszym przypadku pojawiają się przerwy w pracy silnika i szarpanie, natomiast zanieczyszczenia skutkują spadkiem mocy i dławieniem. Paliwa niskiej jakości mogą zawierać domieszki szkodliwych substancji, które po spaleniu przyczyniają się do szybszego zużycia katalizatora. W wyniku ich obecności dochodzi do zatkania kanałów lub wypalenia powierzchni aktywnych. W układach common rail wykorzystywana jest pompa wspomagająca, której zadaniem jest doprowadzenie paliwa pod umiarkowanym ciśnieniem do pompy wysokiego ciśnienia. Jej sprawność ma ogromne znaczenie dla stabilnej pracy układu. Filtr paliwa, choć z pozoru pasywny, może generować drgania, jeśli nie jest odpowiednio zamocowany lub jeśli zawiera wodę, powietrze albo elementy uszkodzone w wyniku zużycia. Długotrwałe zapowietrzenie przewodu zasilającego prowadzi do zwiększonego zużycia pompy, gorszego rozpylania paliwa i nagłych spadków mocy. Taki stan grozi także przegrzaniem elementów układu. Układ paliwowy może wpływać na rejestrowanie błędów w sterowniku silnika – niewłaściwe ciśnienie, nieszczelność, złe dawki lub opóźnienia w wtrysku skutkują błędami mieszanki, spalania lub ciśnienia. Zawór odcinający dopływ paliwa może ulec zacięciu, co prowadzi do problemów z uruchamianiem silnika lub jego samoczynnym gaśnięciem. Diagnoza tej usterki wymaga pomiaru ciśnienia i testów układu. Bezpośredni wtrysk benzyny pracuje pod wyższym ciśnieniem niż układy pośrednie, dlatego filtr paliwa w takich systemach narażony jest na szybsze zużycie. Regularna jego wymiana to klucz do utrzymania właściwej pracy całego silnika.
