Fabryczne wyłączenie systemu Start-Stop przez producenta to sytuacja, w której samochód, mimo obecności przycisku i wszystkich podzespołów systemu, nie aktywuje funkcji automatycznego wyłączania silnika na postoju. Może to wynikać z różnych przyczyn: specyficznych wymagań rynku, homologacji, wersji wyposażenia, warunków klimatycznych lub decyzji producenta dotyczących bezpieczeństwa i niezawodności. Rozpoznanie fabrycznego wyłączenia Start-Stop nie zawsze jest proste. Najbardziej oczywistym sygnałem jest brak reakcji systemu na typowe warunki aktywacji – mimo spełnienia wszystkich wymagań (odpowiednia temperatura silnika, naładowanie akumulatora, zamknięte drzwi, brak obciążenia elektrycznego), silnik nie wyłącza się na postoju, a na desce rozdzielczej nie pojawia się symbol Start-Stop. W niektórych przypadkach komputer pokładowy wyświetla komunikat o niedostępności systemu lub informuje o dezaktywacji Start-Stop przez producenta. W instrukcji obsługi pojazdu można znaleźć informacje o warunkach działania systemu oraz ewentualnych ograniczeniach dla danego rynku lub wersji wyposażenia. Często fabryczne wyłączenie Start-Stop jest związane z aktualizacją oprogramowania sterownika silnika lub modułu zarządzania energią – po wizycie w serwisie, wymianie akumulatora lub naprawie elektroniki system może zostać dezaktywowany na stałe. W autach przeznaczonych na rynki o ekstremalnych temperaturach, z dużą ilością odbiorników elektrycznych lub specjalnym przeznaczeniem (np. taksówki, pojazdy służbowe), Start-Stop bywa fabrycznie wyłączony dla zwiększenia niezawodności. Aby mieć pewność, czy system został wyłączony fabrycznie, warto wykonać diagnostykę komputerową w serwisie – odczytanie kodów błędów i parametrów pracy pozwala jednoznacznie stwierdzić, czy Start-Stop jest aktywny, dezaktywowany przez producenta, czy wyłączony z powodu usterki.
