W nowoczesnych samochodach układ ładowania akumulatora zabezpieczany jest przez kilka rodzajów bezpieczników, które chronią zarówno alternator, jak i całą instalację elektryczną przed skutkami zwarcia, przeciążenia czy uszkodzeń mechanicznych. Najważniejszym elementem jest tzw. bezpiecznik główny ładowania, umieszczony najczęściej na dodatnim przewodzie akumulatora lub w skrzynce bezpieczników pod maską. Może to być bezpiecznik typu „mega”, „maxi”, „palcowy” lub „rurkowy”, o wartości od 30 do nawet 150 A, w zależności od mocy alternatora i zapotrzebowania prądowego pojazdu. Bezpiecznik ten odpowiada za ochronę głównego przewodu ładowania prowadzącego od alternatora do akumulatora – jego przepalenie całkowicie odcina możliwość ładowania i zasilania pojazdu podczas pracy silnika. W wielu autach osobnych bezpieczników wymaga także przewód wzbudzenia alternatora, który jest odpowiedzialny za przekazywanie sygnału z kontrolki ładowania na desce rozdzielczej. Przepalenie tego obwodu może skutkować brakiem ładowania, nawet jeśli alternator jest sprawny, ponieważ nie zostaje on prawidłowo wzbudzony. W niektórych modelach samochodów, zwłaszcza z rozbudowaną elektroniką, stosuje się dodatkowe bezpieczniki chroniące moduły sterujące ładowaniem, przekaźniki czy regulatory napięcia. W autach z systemami start-stop lub inteligentnym zarządzaniem energią pojawiają się także bezpieczniki dedykowane do układów monitorujących stan akumulatora. W przypadku instalacji fotowoltaicznych lub ładowania akumulatorów z zewnętrznych źródeł (np. przez MPPT), stosuje się bezpieczniki między regulatorem ładowania a akumulatorem, których wartość powinna być dobrana do maksymalnego natężenia prądu danego układu. Regularna kontrola stanu bezpieczników, ich odpowiednie wartości i prawidłowy montaż to podstawa niezawodnej pracy układu ładowania i bezpieczeństwa całej instalacji elektrycznej pojazdu. W razie problemów z ładowaniem, jednym z pierwszych kroków diagnostycznych powinno być sprawdzenie bezpieczników zarówno w skrzynce pod maską, jak i bezpośrednio przy akumulatorze oraz alternatorze.
