Układ Start-Stop jest ściśle zintegrowany ze sterownikiem silnika i szeregiem innych modułów elektronicznych w pojeździe. Wszelkie nieprawidłowości w pracy tych systemów są rejestrowane w postaci kodów błędów, które można odczytać podczas diagnostyki komputerowej. Najczęstsze błędy powiązane z układem Start-Stop dotyczą niskiego napięcia akumulatora (np. kod P0562), uszkodzenia czujnika akumulatora (BMS), nieprawidłowego sygnału z alternatora (P0620, P0625), problemów z czujnikiem pedału hamulca lub sprzęgła, awarii czujnika temperatury silnika lub otoczenia, a także błędów komunikacji na magistrali CAN. Często pojawiają się także błędy związane z rozrusznikiem (np. P0615), przekaźnikami rozruchu, czujnikami położenia wału korbowego czy temperatury płynu chłodzącego. W niektórych przypadkach sterownik silnika rejestruje błędy dotyczące zbyt częstych lub zbyt długich cykli Start-Stop, co może być skutkiem zużycia akumulatora, rozrusznika lub problemów z ładowaniem. Objawami tych błędów są komunikaty na desce rozdzielczej informujące o dezaktywacji systemu, kontrolka silnika (check engine) lub wyświetlanie specjalnych ikon Start-Stop. Diagnostyka i naprawa wymaga odczytania kodów błędów, sprawdzenia parametrów pracy akumulatora, alternatora, czujników i sterowników oraz ewentualnej aktualizacji oprogramowania.
