ECU, czyli elektroniczne jednostki sterujące silnikiem, są jednym z fundamentów skutecznego tuningu kompresorowego. Współczesne układy doładowania wymagają ECU o rozbudowanych możliwościach strojenia, precyzyjnej obsłudze czujników ciśnienia, temperatury, knock sensora oraz zaawansowanej możliwości edycji map zapłonowych i paliwowych. Do najlepszych rozwiązań montowanych w projektach tuningowych z kompresorem należą programowalne ECU typu standalone: ECUmaster EMU Black/Classic, Syvecs S6, Haltech Elite/Nexus, Motec M1/M600/M400, Megasquirt 2/3 Pro, Link G4X, MaxxECU i wiele innych. Ich przewagę stanowi wyjątkowo szeroka możliwość tworzenia niestandardowych map doładowania, obsługa kilku czujników MAP, sterowanie dodatkowymi wtryskiwaczami lub systemami wtrysku wody/metanolu oraz bardzo szybka reakcja na sygnały z czujników (logika 3D, precyzyjne obliczanie stretegii knock kontrol). Wielką zaletą jest także kompatybilność z nowoczesnymi przepustnicami elektronicznymi, szeregami czujników temperatury, ciśnienia, EGT, różnicą ciśnień na intercoolerze czy rozszerzoną diagnostyką. Coraz popularniejsze są także szybkie ECU typu piggyback (np. UniChip lub JB4), które pozwalają na płytkie modyfikacje bez wymiany fabrycznego komputera – jednak nie zbliżają się do możliwości programowalnych ECU pod kątem szczegółowego strojenia oraz obsługi niestandardowych sensorów. Podczas wyboru ECU do instalacji kompresora ważne jest, by jednostka sterująca miała możliwość pracy z wysokimi ciśnieniami doładowania, pełną obsługę czujników MAP do 3-4 bar (lub więcej), elastyczne zarządzanie wtryskiem paliwa, precyzyjny knock control, zabezpieczenie przed przeładowaniem i zaawansowane logowanie parametrów. Ostateczna decyzja zależy jednak od budżetu, zastosowania samochodu, oczekiwanych efektów i umiejętności osoby strojącej – najważniejsze, by komputer ECU nie ograniczał potencjału kompresora i pozwalał w pełni wykorzystać jego możliwości tuningowe.