System Start-Stop, choć przynosi wymierne korzyści ekologiczne i ekonomiczne, bywa przez wielu kierowców uznawany za uciążliwy – zwłaszcza w ruchu miejskim, podczas manewrowania czy w autach z silnikiem diesla. W efekcie coraz więcej właścicieli decyduje się na modyfikacje, które pozwalają na trwałe lub tymczasowe wyłączenie tej funkcji. Najczęstsze modyfikacje to: montaż emulatora Start-Stop (niewielkie urządzenie elektroniczne, które „oszukuje” komputer pokładowy, symulując wciśnięcie przycisku dezaktywacji po każdym uruchomieniu auta – system pozostaje wyłączony do momentu ponownej aktywacji przez kierowcę), kodowanie komputera (zmiana ustawień w sterowniku silnika lub module komfortu za pomocą interfejsu diagnostycznego – pozwala na trwałe wyłączenie Start-Stop lub zapamiętanie ostatniego stanu systemu), modyfikacja oprogramowania (wgranie zmodyfikowanego softu, który dezaktywuje funkcję Start-Stop na stałe – rozwiązanie stosowane głównie w autach klasy premium), fizyczne odłączenie czujnika (np. pedału sprzęgła, hamulca lub napięcia akumulatora – skutkuje trwałą dezaktywacją systemu, ale może prowadzić do wyświetlania błędów i utraty gwarancji), stosowanie specjalnych przycisków lub przełączników (pozwalają na szybkie wyłączenie Start-Stop bez konieczności każdorazowego wciskania fabrycznego przycisku). Warto pamiętać, że każda modyfikacja systemu Start-Stop wiąże się z ryzykiem utraty gwarancji, problemami przy przeglądzie technicznym, a w niektórych krajach może być niezgodna z homologacją pojazdu. Przed podjęciem decyzji o modyfikacji warto skonsultować się z serwisem, sprawdzić warunki gwarancji i przepisy obowiązujące w danym kraju.
