Manualne skrzynie biegów różnią się nie tylko konstrukcją wewnętrzną, ale także układem współpracy z resztą zespołu napędowego. Jednym z podstawowych podziałów technicznych jest ten wynikający z rodzaju napędu – na przednią oś lub na tylną. Skrzynia biegów w samochodzie z napędem na przód pracuje w zupełnie innych warunkach konstrukcyjnych niż przekładnia w aucie tylnonapędowym, co ma wpływ na jej budowę, układ montażu oraz sposób działania. Zrozumienie tych różnic pozwala lepiej pojąć, dlaczego te same funkcje realizowane są na różne sposoby w zależności od układu napędowego.
W samochodach z napędem na przód skrzynia biegów montowana jest najczęściej w układzie poprzecznym, równolegle do silnika. Taki układ pozwala na lepsze wykorzystanie przestrzeni w komorze silnika i zmniejszenie długości całego zespołu napędowego. W takim rozwiązaniu skrzynia zintegrowana jest z mechanizmem różnicowym, a napęd przekazywany jest bezpośrednio na półosie, które trafiają do kół przednich. To konstrukcja kompaktowa, lekka i stosunkowo prosta w montażu oraz serwisie. Ze względu na swoje zalety, ten typ napędu dominuje we współczesnych samochodach osobowych.
Skrzynie biegów w napędzie na przód są jednak bardziej narażone na zużycie ze względu na to, że oprócz przekazywania mocy, muszą także radzić sobie z momentami skręcającymi i dynamicznymi przeciążeniami powstającymi przy skręcie kół. Praca w osi poprzecznej oznacza również większe wymagania co do układu chłodzenia, a także konieczność stosowania bardziej złożonych rozwiązań w zakresie wyboru przełożeń i montażu synchronizatorów. Wiele z tych skrzyń musi radzić sobie z ograniczoną przestrzenią i dlatego często stosuje się w nich bardziej zwarte mechanizmy.
W przypadku samochodów z napędem na tył skrzynia montowana jest zazwyczaj wzdłużnie, czyli w jednej linii z wałem napędowym i silnikiem. W tym układzie moc silnika przekazywana jest poprzez sprzęgło na skrzynię, a następnie na wał napędowy biegnący do tylnego mostu z mechanizmem różnicowym. Takie rozwiązanie zapewnia lepszy rozkład masy, co jest szczególnie cenione w samochodach sportowych oraz klasycznych konstrukcjach z napędem na tył.
Skrzynie stosowane w tylnonapędowych samochodach zazwyczaj są większe, bardziej rozbudowane i oferują większy zakres przełożeń. Umożliwiają łatwiejszy dostęp do wielu elementów w trakcie serwisu, a ich konstrukcja pozwala na wyższe obciążenia mechaniczne. Dodatkowo, ze względu na brak konieczności zintegrowania z mechanizmem różnicowym, są bardziej modularne i często można je łatwiej dostosować do różnych typów silników i zastosowań.
Nie bez znaczenia pozostają także różnice w prowadzeniu samochodu wynikające z rodzaju napędu i charakterystyki skrzyni. W pojazdach przednionapędowych skrzynia ma bardziej zwartą konstrukcję, co przekłada się na szybkie reakcje i mniejsze straty mocy. Z kolei w tylnonapędowych autach, ze względu na dłuższy układ przeniesienia napędu, reakcje są nieco wolniejsze, ale całość lepiej znosi duże obciążenia i daje więcej możliwości tuningowych.
Podsumowując, skrzynie biegów w samochodach z napędem na przód różnią się od tych stosowanych w autach z napędem na tył zarówno pod względem konstrukcji, jak i sposobu pracy. Układ poprzeczny wymusza kompaktowość i integrację z innymi komponentami, natomiast układ wzdłużny daje więcej przestrzeni i swobody w projektowaniu. Oba rozwiązania mają swoje zalety i ograniczenia, a wybór zależy głównie od charakteru pojazdu i jego przeznaczenia.