Choroby autoimmunologiczne to schorzenia, w których układ odpornościowy atakuje własne tkanki organizmu. Leczenie opiera się na hamowaniu nadmiernej aktywności immunologicznej i łagodzeniu objawów. Najczęściej stosowane leki to: glikokortykosteroidy (np. prednizon) – działają przeciwzapalnie i immunosupresyjnie; leki immunosupresyjne (azatiopryna, metotreksat, cyklosporyna) – hamują aktywność limfocytów; leki biologiczne (przeciwciała monoklonalne, inhibitory TNF-alfa) – celowane na konkretne cząsteczki biorące udział w procesie zapalnym; leki modyfikujące przebieg choroby (DMARDs) – stosowane w reumatoidalnym zapaleniu stawów, toczeniu, łuszczycy. W terapii objawowej stosuje się także leki przeciwbólowe, przeciwgorączkowe, przeciwdepresyjne, a w niektórych przypadkach plazmaferezę lub immunoglobuliny. Dobór leczenia zależy od rodzaju choroby, jej aktywności, wieku pacjenta i chorób współistniejących. Leczenie powinno być prowadzone przez specjalistę reumatologa lub immunologa i wymaga regularnej kontroli.