Układ odpornościowy posiada szereg naturalnych barier chroniących organizm przed drobnoustrojami. Do najważniejszych należą: skóra (fizyczna bariera zapobiegająca wnikaniu patogenów), błony śluzowe (śluz, rzęski, enzymy), kwaśne pH żołądka, odruchy obronne (kaszel, kichanie, łzawienie), flora bakteryjna jelit i skóry, mechanizmy nieswoiste (fagocytoza, komórki NK, interferony, układ dopełniacza). Te bariery działają natychmiast po kontakcie z patogenem i stanowią pierwszą linię obrony. Ich sprawność zależy od stanu zdrowia, diety, higieny, wieku i czynników środowiskowych. Osłabienie naturalnych barier (np. przez uszkodzenie skóry, antybiotyki, choroby przewlekłe) zwiększa ryzyko infekcji.
