Infekcje żołądkowo-jelitowe, zwane potocznie „grypą żołądkową”, są najczęściej wywoływane przez wirusy. Najważniejsze z nich to: rotawirusy (najczęstsza przyczyna biegunek u dzieci), norowirusy (odpowiedzialne za epidemie w zamkniętych skupiskach), adenowirusy (typy 40 i 41), sapowirusy oraz astrovirusy. Objawy zakażeń wirusowych to nagła biegunka, wymioty, bóle brzucha, gorączka, osłabienie, odwodnienie. Wirusy przenoszą się drogą fekalno-oralną, przez kontakt z zakażoną osobą, skażoną wodą, żywnością lub powierzchniami. Leczenie infekcji wirusowych jest objawowe: nawadnianie, lekkostrawna dieta, czasem leki przeciwgorączkowe. U dzieci i osób starszych szczególnie ważne jest zapobieganie odwodnieniu. Profilaktyka obejmuje higienę rąk, mycie warzyw i owoców, szczepienia przeciw rotawirusom u niemowląt.
