Oglądanie filmów 3D nie powoduje trwałych uszkodzeń wzroku, ale może wywoływać przejściowe objawy dyskomfortu: zmęczenie oczu, bóle głowy, nudności, zawroty głowy, uczucie suchości lub pieczenia. Wynika to z konieczności intensywnej pracy mięśni gałek ocznych i mózgu, które muszą przetwarzać dwa różne obrazy. Osoby z nierównowagą mięśni oczu, niedowidzeniem, zezem lub zaburzeniami widzenia obuocznego mogą odczuwać silniejsze objawy, a nawet nie widzieć efektu 3D. Objawy ustępują po zakończeniu seansu. Profilaktyka obejmuje robienie przerw, odpowiednie oświetlenie, dbanie o higienę okularów 3D i regularne badania okulistyczne. U dzieci z problemami wzrokowymi warto skonsultować się z okulistą przed oglądaniem filmów 3D.