Antykoncepcja, zwłaszcza mechaniczna (prezerwatywy, diafragmy, kapturki), może wpływać na ryzyko infekcji dróg moczowych. Niektóre środki plemnikobójcze zaburzają naturalną florę bakteryjną pochwy, sprzyjając namnażaniu patogenów. Wkładki wewnątrzmaciczne mogą zwiększać ryzyko infekcji w pierwszych tygodniach po założeniu. Tabletki antykoncepcyjne nie mają bezpośredniego wpływu na ryzyko zakażeń, ale zmiany hormonalne mogą wpływać na pH i florę pochwy. Profilaktyka obejmuje dbanie o higienę, oddawanie moczu po stosunku, stosowanie probiotyków i regularne wizyty u ginekologa. W przypadku nawracających infekcji warto rozważyć zmianę metody antykoncepcji po konsultacji z lekarzem.