W diagnostyce chorób wątroby i trzustki wykonuje się szereg badań laboratoryjnych i obrazowych. Podstawowe badania krwi to: próby wątrobowe (ALT, AST, ALP, GGTP, bilirubina), albumina, czas protrombinowy, amylaza i lipaza (w chorobach trzustki), glukoza, markery nowotworowe (AFP, CA 19-9). Badania obrazowe to: USG jamy brzusznej, tomografia komputerowa, rezonans magnetyczny, elastografia, EUS (ultrasonografia endoskopowa), cholangiopankreatografia MR. W niektórych przypadkach wykonuje się biopsję wątroby lub trzustki. Diagnostyka pozwala na wykrycie zapaleń, marskości, guzów, kamicy, przewlekłych chorób metabolicznych i nowotworów.