Hemafereza, choć jest bezpieczną procedurą, może powodować powikłania. Najczęstsze to: spadek ciśnienia tętniczego, zawroty głowy, osłabienie, mrowienie wokół ust i palców (hipokalcemia), reakcje alergiczne na antykoagulanty, zakażenia w miejscu wkłucia, krwawienia, zakrzepy. Rzadziej dochodzi do zaburzeń rytmu serca, niedokrwistości, zaburzeń elektrolitowych. Powikłania są zwykle łagodne i przemijające, a personel medyczny monitoruje pacjenta przez cały czas trwania zabiegu. Przestrzeganie zaleceń i odpowiednie przygotowanie minimalizują ryzyko komplikacji.
