Tabletki nasenne, choć skuteczne w krótkotrwałym leczeniu bezsenności, niosą ze sobą szereg zagrożeń. Najczęstsze skutki uboczne to senność w ciągu dnia, zaburzenia koncentracji, spowolnienie reakcji, ryzyko upadków i wypadków, szczególnie u osób starszych. Długotrwałe stosowanie prowadzi do rozwoju tolerancji (konieczność zwiększania dawki), uzależnienia psychicznego i fizycznego, a także zespołu odstawiennego po zaprzestaniu leku (bezsenność, lęk, drżenie, napady paniki). Niektóre leki nasenne mogą powodować nieprawidłowe zachowania w trakcie snu (lunatykowanie, jedzenie, prowadzenie pojazdów). Tabletki nasenne wchodzą w interakcje z alkoholem i innymi lekami uspokajającymi, co może prowadzić do groźnych powikłań. Zaleca się stosowanie ich wyłącznie pod kontrolą lekarza, przez krótki czas i w najmniejszej skutecznej dawce, a w leczeniu przewlekłej bezsenności preferuje się metody niefarmakologiczne (higiena snu, psychoterapia).
