Antybiotyki, choć ratują życie w wielu infekcjach, mogą powodować działania niepożądane. Najczęstsze skutki uboczne to: biegunka, nudności, wymioty, bóle brzucha, reakcje alergiczne (wysypka, świąd, obrzęk Quinckego, wstrząs anafilaktyczny), grzybice (kandydoza jamy ustnej, pochwy), uszkodzenie wątroby, nerek, zaburzenia hematologiczne (leukopenia, trombocytopenia), fotouczulenie, zaburzenia słuchu (aminoglikozydy), uszkodzenie chrząstki (fluorochinolony). Nadużywanie antybiotyków prowadzi do rozwoju oporności bakterii i nieskuteczności leczenia. Profilaktyka obejmuje stosowanie antybiotyków tylko na zlecenie lekarza, zgodnie z dawkowaniem i czasem terapii, probiotykoterapię oraz monitorowanie działań niepożądanych.
