Biegunka, zwłaszcza przewlekła lub intensywna, może prowadzić do poważnych powikłań zdrowotnych. Najgroźniejsze to odwodnienie, zaburzenia elektrolitowe (utrata sodu, potasu, magnezu), kwasica metaboliczna, niewydolność nerek, niedożywienie oraz pogorszenie przebiegu chorób przewlekłych. U dzieci, osób starszych i przewlekle chorych powikłania mogą zagrażać życiu. Objawy odwodnienia to suchość skóry i błon śluzowych, spadek ciśnienia, przyspieszony puls, senność, zaburzenia świadomości. W przypadku biegunki trwającej powyżej 48 godzin, z krwią, wysoką gorączką lub objawami odwodnienia należy niezwłocznie zgłosić się do lekarza. Leczenie polega na nawadnianiu, uzupełnianiu elektrolitów i stosowaniu odpowiedniej diety. W niektórych przypadkach konieczna jest hospitalizacja.