W Renault Clio, niezależnie od generacji, skrzynia biegów odgrywa kluczową rolę w codziennej eksploatacji i to właśnie ten element często zdradza pierwsze oznaki zużycia, nawet wtedy, gdy silnik nadal pracuje bez zarzutu. Wersje z manualną skrzynią biegów, które dominują w starszych rocznikach, uchodzą za stosunkowo trwałe i proste w budowie, ale i one potrafią zaskoczyć właściciela usterkami, które – choć z pozoru niewielkie – potrafią uprzykrzyć jazdę i wymagać pilnej interwencji. Charakterystycznymi objawami zużycia w ręcznych skrzyniach są trudności z wrzuceniem pierwszego lub wstecznego biegu, szarpnięcia przy ruszaniu oraz wyraźne zgrzyty podczas zmiany przełożeń, szczególnie na zimnym oleju. W wielu przypadkach przyczyną tych zjawisk jest zużyty mechanizm wybieraka, poluzowane poduszki skrzyni, albo coraz częściej spotykane wycieki oleju przekładniowego, które prowadzą do niedostatecznego smarowania przekładni. Z czasem pojawiają się też objawy wskazujące na zużycie łożysk, takie jak wycie słyszalne szczególnie podczas jazdy na wyższych biegach. W starszych modelach problematyczna bywa także linka sprzęgła, która może stawiać opór lub w skrajnych przypadkach zerwać się w najmniej oczekiwanym momencie.
W nowszych generacjach Clio coraz większą rolę odgrywają wersje z automatyczną skrzynią biegów, które zapewniają większy komfort jazdy, ale w zamian wymagają zdecydowanie większej uwagi i staranności serwisowej. W Clio drugiej i trzeciej generacji stosowano klasyczne czterobiegowe automaty, które przy braku regularnej wymiany oleju przekładniowego z czasem zaczynają pracować nierówno, szarpać przy zmianie biegów, a nawet całkowicie odmawiać współpracy. Objawem zbliżającej się awarii jest opóźniona reakcja na gaz, brak płynności przy ruszaniu oraz nagłe przejście w tryb awaryjny, które sygnalizuje problem w sterowaniu skrzynią. Renault przez wiele lat uznawało te skrzynie za bezobsługowe, co w praktyce oznaczało, że olej nie był wymieniany nawet przez kilkanaście lat, a to prowadziło do przyspieszonego zużycia. W Clio trzeciej i czwartej generacji pojawiły się również skrzynie półautomatyczne, które bazują na klasycznej przekładni ręcznej, ale zmieniają biegi za pomocą siłowników i sterowników elektronicznych. Ich praca potrafi być płynna i bezproblemowa, ale tylko pod warunkiem, że system działa poprawnie. W praktyce zdarzają się jednak częste awarie siłowników, problemy z czujnikami położenia sprzęgła oraz błędy komunikacji między modułami, które kończą się zablokowaniem skrzyni w jednym biegu lub całkowitym brakiem reakcji na zmianę przełożeń. W takim przypadku niezbędna jest precyzyjna diagnostyka komputerowa i najczęściej naprawa konkretnego aktuatora lub wymiana sterownika.
W Clio czwartej i piątej generacji coraz powszechniej stosowana jest nowoczesna skrzynia dwusprzęgłowa EDC, która działa szybko i płynnie, przypominając nieco klasyczne automaty premium. W codziennej jeździe zapewnia dobre osiągi, ale tylko wtedy, gdy działa bez zakłóceń. Niestety, i tutaj pojawiają się typowe objawy awarii, takie jak szarpnięcia przy ruszaniu, zbyt długie przeciąganie biegów, opóźniona reakcja na gaz lub hałas dobiegający z okolic skrzyni. Przyczyną mogą być zużyte sprzęgła, problemy z mechatroniką lub błędy komunikacyjne w systemie sterującym przekładnią. Choć niektóre objawy ustępują po aktualizacji oprogramowania, wiele z nich wymaga kosztownych napraw, szczególnie gdy dojdzie do uszkodzenia układu sterowania hydraulicznymi siłownikami. Często winne są także zaniedbania serwisowe – producent długo nie zalecał wymiany oleju, jednak obecnie wiadomo, że jego regularna wymiana co kilkadziesiąt tysięcy kilometrów znacząco wydłuża żywotność całego układu.
Niezależnie od typu zastosowanej przekładni, wszelkie nietypowe zachowania skrzyni biegów – od wycia, przez szarpanie, aż po trudności z wrzuceniem biegu – powinny być sygnałem ostrzegawczym dla kierowcy. Im szybciej zdiagnozuje się problem i podejmie działanie, tym większa szansa na naprawę bez konieczności wymiany całej skrzyni. W przypadku skrzyń automatycznych i półautomatycznych kluczową rolę odgrywa też elektronika, a więc każde wystąpienie kontrolki na desce rozdzielczej lub przejście auta w tryb awaryjny wymaga jak najszybszego podłączenia pojazdu do komputera diagnostycznego. W Clio da się jeździć długo i bezproblemowo, ale skrzynia biegów – choć często niedoceniana – wymaga równie wiele troski co silnik. To od niej zależy, czy auto prowadzi się lekko i płynnie, czy każda zmiana biegu staje się nieprzyjemnym doświadczeniem, a dalsza jazda zagrożeniem dla całego układu napędowego.
