Porównanie samochodów wodorowych z elektrycznymi akumulatorowymi to zestawienie dwóch odmiennych łańcuchów energetycznych prowadzących do tego samego celu, czyli bezemisyjnej jazdy na kołach, i odpowiedź na pytanie co lepsze zależy od scenariusza użycia, infrastruktury i ekonomii całego cyklu życia. W samochodzie wodorowym energia chemiczna wodoru jest w ogniwie paliwowym przekształcana w prąd zasilający silnik, a wodór przechowywany w zbiornikach pod bardzo wysokim ciśnieniem wymaga zaawansowanych materiałów, precyzyjnych zaworów i rygorystycznych procedur napełniania, co zapewnia bezpieczeństwo eksploatacji, ale podnosi koszty produkcji i utrzymania stacji tankowania. W samochodzie elektrycznym akumulatorowym energia jest magazynowana bezpośrednio w baterii trakcyjnej i oddawana do silnika poprzez elektronikę mocy, a ładowanie odbywa się z gniazda domowego lub sieci stacji prądu stałego, których gęstość i dostępność stale rosną. Z punktu widzenia sprawności cały łańcuch od wytworzenia energii do pracy na kołach jest zwykle korzystniejszy dla aut akumulatorowych, bo konwersje wodoru, sprężanie, magazynowanie i ponowna konwersja w ogniwie paliwowym generują straty, natomiast przewagą wodoru bywa szybkie tankowanie i stabilne osiągi w niskich temperaturach. W lekkich samochodach osobowych, szczególnie używanych w miastach i na krótkich trasach, przewagę praktyczną mają auta akumulatorowe dzięki możliwości taniego ładowania w domu lub pracy, prostszej konstrukcji i spadającym kosztom baterii, zaś w przypadku intensywnego użytku na długich dystansach i w zastosowaniach ciężkich część producentów widzi potencjał wodoru, jeżeli powstanie wystarczająco gęsta sieć stacji i spadną koszty zielonego wodoru wytwarzanego z odnawialnych źródeł energii. Infrastruktura jest kluczowa: domowy wallbox instaluje się relatywnie łatwo, a publiczne ładowarki są już w wielu lokalizacjach, podczas gdy stacje wodorowe wymagają skomplikowanych instalacji, regularnych przeglądów i logistyki paliwa, przez co rozwijają się wolniej i koncentrują w wybranych regionach. Koszty całkowite własności obejmują cenę pojazdu, ubezpieczenie, serwis, energię oraz utratę wartości; samochody akumulatorowe korzystają ze skalowalności produkcji, mniejszej liczby ruchomych części i coraz lepszego recyklingu materiałów katody, a samochody na wodór pozostają droższe w wytworzeniu i wymagają specjalistycznej obsługi ogniwa paliwowego oraz systemu magazynowania. W obszarze bezpieczeństwa oba rozwiązania spełniają surowe normy, choć różni się charakter zdarzeń: wodór jest bardzo lekki i szybko unosi się do góry, a zbiorniki buduje się z wielowarstwowych materiałów i testuje na ekstremalne obciążenia, natomiast w autach akumulatorowych zarządzanie temperaturą i ochrona baterii minimalizują ryzyko ucieczki termicznej. Wybór technologii to dziś przede wszystkim decyzja o dostępności infrastruktury i sposobie użytkowania: dla większości kierowców, którzy mogą ładować w domu, auto elektryczne jest rozwiązaniem prostszym i tańszym w eksploatacji, a wodór pozostaje niszą z potencjałem w logistyce dalekodystansowej, transporcie ciężkim i tam, gdzie szybkie tankowanie i powtarzalna praca pod dużym obciążeniem są krytyczne. W perspektywie przyszłości obie drogi będą współistnieć, lecz to elektryki akumulatorowe kształtują rynek masowy, podczas gdy wodór może stać się wyspecjalizowanym narzędziem w wybranych segmentach, o ile równolegle potanieje zielona produkcja paliwa i powstanie ekonomicznie uzasadniona sieć stacji.
