System Start-Stop, choć zaprojektowany z myślą o oszczędności paliwa i ochronie środowiska, może być źródłem problemów z uruchamianiem samochodu po dłuższym postoju. Najczęstszą przyczyną jest zużycie lub rozładowanie akumulatora – auta z systemem Start-Stop wymagają specjalnych baterii AGM lub EFB, które są przystosowane do częstych cykli ładowania i rozładowania. Jeśli akumulator jest już osłabiony, po kilku dniach postoju może nie mieć wystarczającej energii do uruchomienia silnika, zwłaszcza w niskich temperaturach. Kolejnym problemem jest samoczynna dezaktywacja systemu Start-Stop po wykryciu niskiego napięcia lub innych nieprawidłowości w instalacji elektrycznej. Komputer pokładowy monitoruje stan akumulatora, temperaturę silnika, obciążenie elektryczne i inne parametry – jeśli którykolwiek z nich jest poza zakresem, system nie wyłączy silnika na postoju, a po dłuższym przestoju może całkowicie zablokować funkcję automatycznego rozruchu. W niektórych przypadkach przyczyną problemów z uruchamianiem po postoju są błędy w oprogramowaniu, uszkodzenia czujników (np. położenia pedału sprzęgła, hamulca, temperatury silnika) lub awarie rozrusznika i alternatora. W autach z systemem Start-Stop rozrusznik jest znacznie bardziej obciążony niż w tradycyjnych pojazdach, co przyspiesza jego zużycie i może prowadzić do problemów z rozruchem. Po dłuższym postoju samochodu z aktywnym alarmem, systemami komfortu i innymi odbiornikami prądu, akumulator może ulec głębokiemu rozładowaniu, co uniemożliwia uruchomienie silnika i aktywację Start-Stop. Aby uniknąć problemów z uruchamianiem po postoju, należy regularnie kontrolować stan akumulatora, ładowania i rozrusznika, a w razie potrzeby doładowywać baterię prostownikiem. W przypadku powtarzających się problemów warto wykonać diagnostykę komputerową i sprawdzić wszystkie elementy systemu Start-Stop.