System Start-Stop i układ hamulcowy są ze sobą ściśle powiązane, zarówno pod względem działania, jak i bezpieczeństwa jazdy. W nowoczesnych samochodach Start-Stop aktywuje się najczęściej po całkowitym zatrzymaniu pojazdu, gdy kierowca wciśnie pedał hamulca (w automatach) lub sprzęgła (w manualach). Komputer pokładowy analizuje sygnały z czujnika położenia pedału hamulca, by zdecydować, kiedy wyłączyć i ponownie uruchomić silnik. W autach z automatyczną skrzynią biegów system Start-Stop wyłącza silnik, gdy pojazd stoi z wciśniętym hamulcem, a uruchamia go po zwolnieniu pedału. W manualach silnik gaśnie po wrzuceniu luzu i puszczeniu sprzęgła, a uruchamia się po jego ponownym wciśnięciu. Układ hamulcowy odgrywa także kluczową rolę w zapewnieniu bezpieczeństwa podczas działania Start-Stop – po wyłączeniu silnika wspomaganie hamulców (serwo) działa jeszcze przez kilka naciśnięć pedału, korzystając z podciśnienia zgromadzonego w układzie. Jeśli silnik pozostaje wyłączony przez dłuższy czas, skuteczność wspomagania może się zmniejszyć, dlatego system Start-Stop automatycznie uruchamia silnik, gdy wykryje spadek podciśnienia lub wzrost siły nacisku na pedał hamulca. W autach z elektrycznym wspomaganiem hamulców (np. hybrydy, mild hybrid) system może podtrzymywać działanie serwa nawet przy wyłączonym silniku, korzystając z energii zgromadzonej w akumulatorze. Dodatkowo, Start-Stop współpracuje z systemami bezpieczeństwa, takimi jak ABS, ESP czy asystent ruszania pod górę – wyłączenie silnika nie może zakłócać ich pracy, dlatego komputer pokładowy monitoruje stan układu hamulcowego i w razie potrzeby dezaktywuje funkcję automatycznego wyłączania silnika. Podsumowując, Start-Stop i układ hamulcowy są ze sobą ściśle powiązane – bezpieczeństwo, komfort i skuteczność działania obu systemów zależą od sprawności czujników, elektroniki i regularnej kontroli stanu technicznego pojazdu.